In mei 2009 heeft ZCN Totaalvervoer tevens het milieukeurmerk NEN-EN-ISO-14001 behaald en in haar kwaliteitssysteem geïntegreerd. Met goed resultaat is het toelatingsonderzoek afgerond voor het behalen van het milieukeurmerk. Hierbij was de externe auditor onder de indruk van de beleving bij en toepassing van het keurmerk in de dagelijkse praktijk.

Speerpunten in het milieubeleid van ZCN Totaalvervoer zijn vooral aandacht voor een wagenpark met milieubesparende aspecten zoals Ecodrive, roetfilters, een hoogst mogelijke euronorm en voertuigen op gas. Tevens wordt intern nadrukkelijk aandacht besteed aan vermindering van onder andere energiegebruik en grondstofverbruik. Jaarlijks vindt een externe toetsing plaats van het kwaliteitsmanagementsysteem door een certificerende instantie. Zij toetsen op een onafhankelijk kritische wijze de beschreven processen.